水質基準是確定水環境管理標準的科學基礎，也是開展水環境風險監控及評估管理的科學依據。水專項實施前，水環境標準都是依據國外基準值制定，實施污染物總量控制制度，造成水質改善與污染源減排相脫節；由于缺失本土化基準，導致水環境“過保護”或“欠保護”。針對上述問題，“十三五”水專項“流域水環境基準與標準制定方法技術集成”課題積極開展適合我國國情的流域地表水質基準制定技術研究，涵蓋了保護水生生物基準、沉積物質量基準、水生態學基準及人體健康水質基準的制定、校驗及標準轉化等關鍵方法技術，為國家水質標準制修訂、環境質量評估、環境風險評估等提供技術支持。
流域水體沉積物質量基準以保護底棲生物為主要目標，并保障水體底泥沉積物中污染物的生物累積及遷移效應不會危害生態系統各營養級生物及水體的正常功能。經課題組多年探索研究，形成了以底棲生物物種敏感度分布法（ssd）為主選方法，以生物效應法、相平衡分配法、評價因子法等為備選方法的沉積物質量基準推導制定技術，可滿足不同條件下流域水環境沉積物基準制定的需求。水生態學基準主要用于保障流域水體生態系統結構和功能的完整性和穩定性。經過多年的實地應用校驗研究，課題組研究人員將參照狀態法、綜合指數法、頻數分布法及壓力-響應關系法等水質基準推導方法相結合，探索提出了適合于我國流域水體特征的水生態學基準制定方法，包含基于水生態完整性的壓力-響應法和頻數分布法，可為河流、湖庫及河口水體的水生態學基準制定提供參考。
2020年10月10日，課題編制的《沉積物質量基準制定技術指南》（t/cses 11-2020）、《沉積物質量基準校驗技術指南》（t/cses 12-2020）、《水生態學基準制定技術指南》（t/cses 13-2020）及《水生態學基準值現場校驗技術指南》（t/cses 14-2020）4項標準由中國環境科學學會發布，為準確制定我國流域地表水環境質量相關基準及標準提供科學依據。
